袁持平表示，制度創新不僅是汲取其他地區的成功經驗並進行借鑒的過程，也需要結合大灣區實際進行“摸石頭過河”的探索。由此，粵港澳大灣區將存在三種層次的制度創新：引入型制度創新、類制度創新、創造型制度創新。
袁持平對三種層次的制度創新分別作出介紹：引入型制度創新是相對而言較為簡單的制度創新，如“飛地經濟”，就是一個國家或城市，如果在本土難以獲得應有的發展機會，可以通過跨越空間的方法，在其他地區尋求發展空間，並將其在法律層面固化為這個國家或城市在一定時間內的獨立管轄片區，例如深汕特別合作區、橫琴島澳門大學新校區、佛山順德工業園、浙江衢州綠海飛地（深圳）產業園等。“飛地”模式具有前瞻性和巨大發展潛力，它能夠在不改變敏感的城際土地行政權屬前提下，最大限度地實現政府間的巨量土地使用空間整體轉讓，達到土地資源和能量運營的最佳整合。“飛地”經濟的存在有益於大灣區內部突破城市間的行政藩籬，從大灣區的整體層面實現經濟要素的最優分配，升級發達城市經濟、拉動落後城市產業，從而形成高效率、高效能、高效益的發展。
類制度創新，就是在大灣區內地範圍的特別區域內，有針對性的學習借鑒港澳的先進經驗和措施，打造與港澳相通的制度環境，以此加深粵港澳的合作深度，激發大灣區的發展潛能。類制度環境必然會加快推進大灣區各個城市間的融合，通過引進港澳先進的發展理念、產業、投資、人才、管理，實現快速發展，這對於大灣區的長遠、健康、合理髮展都是非常重要的，例如深圳前海、廣州南沙、珠海橫琴等地。
創造型制度創新則以落馬洲河套地區為典例，以打造科技創新合作區、建立有利於科技產業創新的國際化營商環境、實現創新要素便捷有效流動為功能定位。位於深港邊境的落馬洲河套創新園區如果能進一步結合深港相互優勢，將可盡得“一國”之利，“兩制”之便。
針對粵港澳大灣區土地利用制度創新，袁持平亦提出相關建議：一是從全局發展的長遠角度規劃發展。資源是有限的，土地、資金、人力、物力等資源應當盡可能放到最合適的區域。二是土地供應體系的戰略導向。目前，學界對於粵港澳大灣區內的“飛地經濟”有著極高的關注，重點都在於發達地區如何通過租借和劃撥欠發達地區的土地，實現資源的有效配置，但是政策紅利地區制度創新的先行先試也十分重要。三是土地立體化管理的配套措施。土地一體化開發利用，就是通對一定範圍內的地塊和道路、廣場、綠地等用地的地上、地下空間進行統一規劃、設計、建設、管理，從而構建整體最優的系統方案。通過地上地下立體空間規劃統籌，實現土地的節約集約和綜合高效利用。四是重視市場力量，逐步減少管制。粵港澳灣區的發展由政府主導作為主旋律，過多的政府力量也會形成僵化、複雜且低效的管理體系，要給予土地使用權所有者更多主權，支持土地使用權在市場力量主導下更自由流動。 |
