建立效率導向的基礎研究項目組織制度。科技競爭逐漸向基礎前沿前移，科技與經濟社會發展的結合愈加緊密，中國基礎研究不僅要實現前瞻性和引領型原創成果的重大突破，而且要為核心技術突破提供源頭支撐。隨著基礎研究範疇的拓展，基礎研究的組織管理愈加複雜，不僅包括以自由探索為目的的純基礎研究活動，也包括戰略需求導向的基礎研究活動和市場導向的應用基礎研究活動。因此，我們需要以提升基礎研究組織效率為目標建立健全基礎研究項目組織制度。一是建立重大科學問題和關鍵技術科學問題常態化凝練機制。發揮中國科學院、中國工程院、國家實驗室等機構在科學技術方面的引領作用，從學科前沿、科技態勢、經濟發展、社會進步、國家安全等長遠需求和戰略全局出發，持續開展科學問題的凝練。二是建立自上而下和自下而上相結合的選題機制。除了以自由探索為主的自下而上的項目申請外，加強對前瞻性基礎研究、前沿引領技術、戰略高技術領域的支持力度，探索實施推薦申請機制，支持信譽良好的專家、機構或管理人員等直接推薦基礎研究項目，讓有想法有能力、勇於創新的科學家能夠得到支持。三是穩定支持一批基礎研究科研團隊。以基礎科學、技術科學和工程科學為主要著力點，長期穩定支持一批取得突出成績且具有明顯創新潛力的青年人才，資助方式由“支持項目”向“支持團隊”轉變，為基礎研究人才提供長期、穩定的支持和保障，使科研團隊逐步在前瞻性基礎研究和戰略高技術領域形成自有能力，培養一支高水平的基礎研究隊伍。
建立動力導向的基礎研究環境保障制度。為科研人員減負、放權、賦能，加強對基礎研究活動的服務保障，讓真正致力於基礎研究的優秀人才可以心無旁騖做研究。當前，中國在基礎研究環境改善方面出台了大量的改革舉措，但還未能有效落地，導致科研人員缺乏從事基礎研究和自由探索的意願。因此，我們需要以激發基礎研究人才研究動力為目標建立健全基礎研究環境保障制度。一是完善基礎研究項目和人才評價機制。遵循基礎研究規律，從取得基礎研究突破需要的資助機制和人才管理機制出發，健全基礎研究項目分類評價制度，落實基礎研究人才長周期評價機制。二是建立寬容失敗的基礎研究環境。基礎研究往往路徑不清楚、方法不確定、失敗率較高，需要在全社會營造自由寬鬆、寬容失敗的環境，使基礎研究人才可以大膽探索、潛心研究。三是加快基礎研究人才的收入構成改革。調整基礎研究人才基本保障和績效比例，穩定支持從事基礎性、前沿性、公益性研究的隊伍，使科研人員可以長期潛心研究重大問題。四是強化對基礎研究人才的生活保障。加強人文關懷，對基礎研究人才尤其是處於科研生涯早期的青年人才，在醫療、子女教育、住房等生活方面解決其後顧之憂，調動他們從事基礎研究的積極性。
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