納稅人辦理年度匯算補稅的，可以通過網上銀行、辦稅服務廳POS機刷卡、銀行櫃台、非銀行支付機構等方式繳納。郵寄申報並補稅的，納稅人需通過自然人電子稅務局或者主管稅務機關辦稅服務廳及時關注申報進度並繳納稅款。
年度匯算需補稅的納稅人，年度匯算期結束後未足額補繳稅款的，稅務機關將依法加收滯納金，並在其《個人所得稅納稅記錄》中予以標注。
納稅人因申報信息填寫錯誤造成年度匯算多退或少繳稅款的，納稅人主動或經稅務機關提醒後及時改正的，稅務機關可以按照“首違不罰”原則免予處罰。
十一、年度匯算服務
稅務機關推出系列優化服務措施，加強年度匯算的政策解讀和操作輔導力度，分類編制辦稅指引，通俗解釋政策口徑、專業術語和操作流程，多渠道、多形式開展提示提醒服務，並通過手機個人所得稅APP、網頁端、12366納稅繳費服務平台等渠道提供涉稅咨詢，幫助納稅人解決辦理年度匯算中的疑難問題，積極回應納稅人訴求。
年度匯算開始前，納稅人可登錄手機個人所得稅APP，查看自己的綜合所得和納稅情況，核對銀行卡、專項附加扣除涉及人員身份信息等基礎資料，為年度匯算做好準備。
為合理有序引導納稅人辦理年度匯算，提升納稅人辦理體驗，主管稅務機關將分批分期通知提醒納稅人在確定的時間段內辦理。同時，稅務部門推出預約辦理服務，有年度匯算初期（3月1日至3月15日）辦理需求的納稅人，可以根據自身情況，在2月16日後登錄手機個人所得稅APP預約上述時間段中的任意一天辦理。3月16日至6月30日，納稅人無需預約，可以隨時辦理年度匯算。
對於獨立完成年度匯算存在困難的年長、行動不便等特殊人群，由納稅人提出申請，稅務機關可提供個性化年度匯算服務。
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