同時，《香港特別行政區維護國家安全法》第四條規定，香港特別行政區維護國家安全應當尊重和保障人權，依法保護香港特別行政區居民根據香港特別行政區基本法和《公民權利和政治權利國際公約》、《經濟、社會與文化權利的國際公約》適用於香港的有關規定享有的包括言論、新聞、出版的自由，結社、集會、遊行、示威的自由在內的權利和自由。第五條規定，防範、制止和懲治危害國家安全犯罪，應當堅持法治原則。法律規定為犯罪行為的，依照法律定罪處刑；法律沒有規定為犯罪行為的，不得定罪處刑。任何人未經司法機關判罪之前均假定無罪。保障犯罪嫌疑人、被告人和其他訴訟參與人依法享有的辯護權和其他訴訟權利。任何人已經司法程序被最終確定有罪或者宣告無罪的，不得就同一行為再予審判或者懲罰。這意味著港區國安法又是一部對香港特別行政區維護國家安全應當遵循的尊重和保障人權、罪刑法定、無罪推定、程序正當、一事不再理等重要法治原則和基本法律程序作出規範的程序性法律。
在過去的一個月時間裡，先由全國人大制定通過《關於建立健全香港特別行政區維護國家安全的法律制度和執行機制的決定》，再由全國人大常委會通過《香港特別行政區維護國家安全法》，這是在國家層面通過“兩步走”的程序以“決定”加“法律”的方式落實中央人民政府對香港特別行政區有關的國家安全事務所負有的根本責任的具體體現。
而根據全國人大《關於建立健全香港特別行政區維護國家安全的法律制度和執行機制的決定》和《香港特別行政區維護國家安全法》的規定，總體上應該分為兩個階段來完善香港維護國家安全的法律制度和執行機制，即第一個階段由全國人大常委會制定通過港區國安立法，針對最突出、最嚴重的國安問題予以精准制導、嚴厲打擊；第二階段則是要由香港特別行政區擔負起維護國家安全的憲制責任，履行維護國家安全的職責，盡早完成香港特區基本法第23條規定的維護國家安全立法，香港特區行政機關、立法機關、司法機關應當依據本法和其他有關法律規定有效防範、制止和懲治危害國家安全的行為和活動。
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