最終，立法機關認為設立知識產權編條件還未成熟，把知識產權法作為特別法存留在民法典小區之外。
張新寶告訴新華每日電訊記者，知識產權法律過於龐雜、修改過於頻繁，兩三年就修改一次。而民法典作為民事基本法，修改並不容易。
除了當好小區的設計“工程師”之外，民法學者們還需要當好“泥瓦匠”。明確圍墻之後，接下來的問題是，如何修繕每個樓，如何讓小區內部格局更清晰明了？要不要蓋新樓？是不是應該模仿國外的著名小區？
孫憲忠很早以前就注意到，民法通則這個樓已經被“掏空”了。他統計過，民法通則總共156個條文，現在仍然有效的只有10個條文左右。其餘內容已經被其他民法單行法替代，甚至其中一些過時的法律規定，不但起不了為改革開放保駕護航，反而有負面作用。
孫憲忠的另外一個焦慮是民法單行法之間存在的碎片化、枝節化等不協調問題。他曾在一篇論文裡提出，不同時期制定的民法單行法，存在著立法指導思想方面的不同追求，導致現行法律集合體中固有的矛盾；單行法制定雖能自善其身、自圓其說，但欠缺從民法典角度的全面考慮，法律規範缺失和重合多點。
北京天同律師事務所主任合夥人蔣勇舉例解釋了這種尷尬：“未經登記的房地產抵押合同是否有效，表面上看是合同法的問題，但是房地產作為不動產，屬於物權的範疇，所以這又是個物權法的問題；使用房地產作為抵押是一種擔保形式，所以這又涉及擔保法的問題。由於這三部法律不是同一時期制定的，其中很多規定並不完全一致，甚至出現同案不同判的情形。”
編纂一部科學化、體系化的民法典是民法學者的共識，然而編纂過程中學者的分歧也大多源自對科學化、體系化的不同認識。
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