金門案告一段落，普遍認為對緩解兩岸關係有所幫助，甚至有討論創造“金門模式”的可能性，劉佩怡對此表示，要稱金門案的協商結果創造出兩岸交涉的“模式”，言之過早，應該說是民進黨政府在兩岸關係日益緊張之下，處理兩岸爭議事件摸索的過程，頂多是個案獲得解套，很難套用到處理整體兩岸的問題。
劉佩怡指出，金門案雖然兩岸雙方已達共識，但值得注意的是，先前陸方提出4個訴求，包括“道歉、賠償、真相、究責”，目前衹有道歉、賠償有初步共識，其他並未真正解決，因此目前的共識僅是針對事件延宕至今，兩岸雙方折衷下得出的結果，兩岸關係仍有許多變數無法掌握，因此金門案不太可能形塑成一種“模式”。
劉佩怡說，當前兩岸的問題並非僅涉及漁船碰撞，甚至今年7月發生的澎湖籍漁船遭陸方扣留等問題，即使都是海上爭端，但與金門案的性質又完全不同，所以金門案落幕，並無法推論到澎湖案，同時也未必適用於金門胡姓釣客遭扣留案。
劉佩怡提到，可以觀察出，這次兩岸雙方對協商層級的設定，兩者大不同，大陸方面雖然協商人員具有台港澳辦的身分，但卻是以泉州紅十字會的名義來金門交涉，台灣方面卻是“海巡署”、陸委會站在第一線，層級上產生落差，顯然大陸方面不打算將協商定調為“官方對官方”，即使台方感覺上希望以兩岸官方立場談判，可是陸方只願意以民間立場，代表本次協商只是就個案，並非通案制度化協商。
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