在肯定成績的同時，我們也要清醒看到面臨的困難挑戰和突出問題。
一是對長江經濟帶發展戰略仍存在一些片面認識。兩年多來，各級領導幹部思想認識不斷深化，但也有些人的認識不全面、不深入。有的認為共抓大保護、不搞大開發就是不發展了，沒有辯證看待經濟發展和生態環境保護的關係。有的仍然受先污染後治理、先破壞後修復的舊觀念影響，認為在追趕發展階段“環境代價還是得付”，對共抓大保護重要性認識不足。有的環境治理和修復項目推進進度偏慢、辦法不多，甚至以缺少資金、治理難度大等理由拖延搪塞。這反映出一些同志在抓生態環境保護上主動性不足、創造性不夠，思想上的結還沒有真正解開。
二是生態環境形勢依然嚴峻。流域生態功能退化依然嚴重，長江“雙腎”洞庭湖、鄱陽湖頻頻乾旱見底，接近30%的重要湖庫仍處於富營養化狀態，長江生物完整性指數到了最差的“無魚”等級。沿江產業發展慣性較大，污染物排放基數大，廢水、化學需氧量、氨氮排放量分別占全國的43%、37%、43%。長江岸線、港口亂占濫用、占而不用、多占少用、粗放利用的問題仍然突出。流域環境風險隱患突出，長江經濟帶內30%的環境風險企業位於飲用水源地周邊5公里範圍內，生產儲運區交替分布。幹線港口危險化學品年吞吐量達1.7億噸、超過250種，運輸量仍以年均近10%的速度增長。同時，出現了一些新問題，比如固體危廢品跨區域違法傾倒呈多發態勢，污染產業向中上游轉移風險隱患加劇，等等。
三是生態環境協同保護體制機制亟待建立健全。統分結合、整體聯動的工作機制尚不健全，生態環境保護制度尚不完善，市場化、多元化的生態補償機制建設進展緩慢，生態環境硬約束機制尚未建立，長江保護法治進程滯後。生態環境協同治理較弱，難以有效適應全流域完整性管理的要求。
四是流域發展不平衡不協調問題突出。長江經濟帶橫跨我國東中西部，地區發展條件差異大，基礎設施、公共服務和人民生活水平的差距較大。三峽庫區、中部蓄滯洪區和7個集中連片特困地區脫貧攻堅任務還很繁重。區域合作虛多實少，城市群缺乏協同，帶動力不足。
五是有關方面主觀能動性有待提高。中央專項安排長江經濟帶生態環境保護的資金規模不大，有關部門涉及長江經濟帶生態環境保護資金安排的統籌程度不強、整體效率不高。地方投資力度和積極性欠缺，政策性金融和開發性金融機構的支持力度不夠。企業和社會資本參與度不高。幹部隊伍配備不足，宣傳教育不到位，人才培養和交流力度也不足。
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