根據《草案》說明，駐港國家安全公署應當與香港特區維護國家安全委員會建立協調機制，監督、指導香港特區維護國家安全工作。黎沛文強調，駐港國家安全公署的工作部門與香港特區維護國家安全的執法、司法機關建立協作機制，加強信息共享和行動配合。就此可見，由於國家安全涉及主權、外交、國防、情報等眾多範疇，為免出現情報信息溝通不暢、協調不力等問題，各責任主體的實際執法工作中的有效配合十分重要。相信設置駐港國家安全公署的立法目的之一，就是希望實現以“統分結合”“協調高效”為原則建立起香港國家安全工作協調和咨詢機制，實現各責任主體之間以及執法機關與香港社會之間的相互配合、相互協助共同完成維護國家安全任務。
根據全國人大常委會法工委的說明，香港國安委主要負責香港維護國家安全事務，承擔維護國家安全的主要責任，並接受中央人民政府的監督和問責。其具體組成方面，由行政長官擔任主席，成員包括政務司司長、財政司司長、律政司司長等特區政府主要官員。同時，《草案》亦明確香港國安委將設立國家安全事務顧問，由中央人民政府指派，就香港國安委履行職責相關事務提供咨詢意見。
黎沛文指出，這說明維護和實現香港國家安全並非中央和駐港國家安全公署的“獨角戲”，香港特區以及特區各職能機關也是重要責任主體，尤其是行政長官作為香港特區的首長在維護國家安全事務上負有首要責任、扮演重要角色。香港國安委的設置將能為各責任主體維護香港國家安全工作的協同聯動提供制度支撐。在此機制下，中央與香港特區、駐港國家安全公署與香港特區各執法機關和職能部門可圍繞香港的國家安全工作建立聯繫，既各司其職又通力合作，在應對和處理香港國家安全問題上實現協同推進、整體合力。
在國安案件的審理方面，《草案》規定了由行政長官指定若干名法官負責。黎沛文認為，此項規定的設置，是考慮到了法案所重點規範的分裂國家、顛覆國家政權、恐怖活動、勾結外國或者境外勢力等妨害國家安全罪行往往涉及主權、政權、外交等議題，且具有複雜、敏感、涉密、對審判機關的專業性要求較高等特點而作出的。此外，由本地法官審理國安案件也是“港區國安法”與香港當地法制與經濟社會發展實際情況相銜接和協調的一種制度體現。“一國兩制”下香港特區最大程度地保留了回歸前的原有法制，且享有司法終審權，司法獨立是其司法傳統中的核心價值理念。由本地法官在香港本地組成獨立法庭對國安案件進行審理，既是對“一國兩制”下香港特區司法權的尊重，同時也能兼顧好對香港司法權威和法治傳統的維護，確保相關案件得到公平公正的審理。
黎沛文還提到，在維護國家安全事務上，中央政府負有根本責任，而香港特區亦有其重要憲制角色和責任，二者是落實香港維護國家安全工作的共同責任主體。本次“港區國安法”的制定將進一步明確中央和香港特區圍繞此目標具體職責和分工。中央和特區在履行職責維護香港國家安全過程中，均應遵循尊重和保障人權、無罪推定、程序正義等重要法治原則。
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