1.受理窗口跨部門信息共享難。如公安的人口庫、民政的婚姻庫和工商的企業法人庫等多個基礎數據庫，目前尚未完全實現數據共享和互通，群眾在辦事時仍要反覆提交各類證明。
2.仍有一些部門互為前置的現象。在法律法規的設置上，不同部門間的事項有很大一部分互為前置，導致群眾在各個部門間來回奔波。如一受訪群眾辦理農醫保，因其戶口簿年齡錯誤，需要結婚證來證明，而其結婚證遺失又需要戶口簿來證明，陷入“死循環”。
3.辦事流程與群眾期待有差距。一些企業表示目前的改革仍沒有實現他們所期待的“一件事跑一次”。如企業投資項目從立項到施工建設，要經過立項、施工圖設計、各類中介評價、施工圖審查、各類單項審核等多個環節，在準備和遞交相關材料上仍無法做到“只跑一次”。
（三）審批窗口反映的問題
1.權力下放不同步讓群眾上下跑。改革仍以各條線自身內部推動為主，條線之間權力下放不同步，導致涉及多個部門的聯辦事項，有的仍要跑多次，有的存在縣一級無法審批仍需上報省市審批的現象。
2.辦事窗口人力資源緊張。隨著無差別全科受理等不斷深入的改革，對辦事窗口工作人員的綜合能力要求越來越高。但中心的編外用工人員高達54%以上，流動性大，給辦事窗口帶來較大的壓力。
3.上級對縣（市、區）業務指導偏少。“最多跑一次”改革涉及職能歸並、流程再造等，業務強、環節多，但一些新的政策和下放事項往往由於缺少指導和業務培訓，容易導致基層審批機構真空脫節的現象。
二、問題產生的原因分析
效率追求與制度規範存在矛盾。政府追求“依法治國”，群眾追求“便民高效”，兩者在出發點上並不矛盾，但在實際操作過程中往往會遇到難題。一些群眾“跑多次”的事項，往往是因為群眾自身有違反相關規定的行為，導致審批機關無從著手。如建設工程竣工驗收辦理的過程中，往往由於企業未按審批要求進行建設，存在少批多建、未批先建等情況，無法按正常程序通過驗收，影響項目投產運營。
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