接下來怎麼辦的問題，邱進益說，只希望檢方盡快公布調查真相，因為有真相才可以談後面所謂的道歉、賠償，假如海巡有責任，就要道歉、賠償。另外一方面，當然因為兩岸目前沒有溝通管道，否則應想辦法託人向大陸方面表達，現在因進入司法程序，所以行政機關還不能做任何動作，只要等到結果出爐，後續該道歉就道歉，該賠償就賠償。這樣對方也許可以接受、理解，不會讓惡意螺旋繼續上升。
談到這事件對兩岸關係的影響，邱進益說，現在金廈海域的禁限制水線不但沒了，陸方還要逐漸行使管轄權，大陸海警船臨檢台方的觀光艇就是一例，等於民進黨政府是“主權”沒有，管轄權也沒有了，面子、裡子都失掉。
後續不只是進一步壓縮台方的空間，邱進益強調，敵意螺旋的上升是非常危險的事。現在大陸兩會過了，這事件重新回到焦點，下一步大陸會採取什麼動作，是他最擔憂的事，“國安局長”蔡明彥說，陸方是用逼迫的姿態來希望你就範，但他覺得這還不夠，陸方絕對不會滿意如此。
邱進益認為，大陸下一步可能採取行動，在控制範圍內，不至於引起美國介入，但會讓台灣付代價，因為如果金門檢方遲不公布調查結果，拖下去的話，大陸對老百姓沒辦法交代。所以最怕的是採取軍事行動，譬如用很小的代價，拿走東沙島、太平島。
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