第二階段的轉型理論沒有意識到扭曲的內生性。在轉型時，新自由主義的理論聽起來也是非常有說服力的，只要有政府的干預扭曲，必然有資源的錯誤配置和尋租腐敗等。但是，為什麼按照那樣的理論指導去進行轉型，導致的結果是經濟增長的速度比原來慢、危機發生的頻率比原來更高呢？最主要的原因是新自由主義理論忽視了原來在轉型之前的各種扭曲也是內生的。那些扭曲、干預、補貼為什麼存在，因為轉型前要優先發展的產業資本太密集，這種產業中的企業在開放競爭的市場當中沒有自生能力，不給補貼就活不了。按照新自由主義的觀點，要建立像發達國家那樣有效的市場，必須同時推行市場化、私有化和宏觀穩定化，政府財政預算必須平衡，也就是要把各種保護補貼一次性取消掉。取消掉的結果是，原來那些不符合比較優勢的產業就活不了，因此就會出現大量的企業破產，導致大量的失業，就會有社會不穩定等問題，經濟也就會崩潰。由於主流的轉型理論忽視了這種扭曲的內生性，儘管理論模型的邏輯很嚴謹，根據理論所做的建議很清楚，可是，按這些建議來轉型的結果卻比原來更糟。
經濟學理論創新的必要性和方向
中國過去70年的發展是理論創新的金礦。比較而言，新中國成立後的前30年跟其他社會主義國家或其他發展中國家沒有多大的差異；而在過去40年改革開放進程中走了自己的道路，創造了人類經濟史上不曾有過的奇跡，需要進一步探究其背後的道理。在總結中國的發展經驗以進行理論創新方面，我國的經濟學家有“近水樓台先得月”的優勢。
現在的主流經濟學理論來自發達國家，一般總結於發達國家的現象和經驗，也沒有結構內生性的概念，於是以發達國家的產業、技術、制度等作為最優的結構。例如，金融對現代經濟運行至關重要，教科書裡討論的金融制度安排一般都是發達國家適用的制度安排，包括大銀行、風險資本等。這種制度安排適合發達國家資本很密集、技術很先進的情況，生產活動和技術創新需要大量資本投入、風險非常大。可是，在發展中國家百分之七八十的生產活動集中在小型的農戶和微型、小型、中型的製造業和服務業企業。生產用的技術一般是相對成熟的技術，生產的產品也是相對成熟的產品，需要的資本規模較小，風險主要集中在經營者的能力和信用問題方面，如果按照主流金融經濟學的教科書僅依賴風險資本、大銀行等，就會發現實體經濟的特性跟金融安排的特性不配套，金融沒有辦法服務實體經濟。
總之，現在的主流經濟學一般把發達國家的結構作為給定的最優結構，把發達國家的產業作為要發展的目標。上世紀八九十年代轉型的時候，把發達國家市場經濟制度結構當作最優結構，忽視了扭曲的內生性，導致的結果就是出發點非常好、效果非常差。以主流的現代經濟學理論作為經濟運行方方面面的指導原則，同樣會忽視發展中國家和發達國家結構特性的差異而不適用。現代經濟學的理論要在發展中國家發揮作用，就要求在理論中反映出發展中國家和發達國家結構的差異，並了解內生性對經濟發展、轉型和運行的影響。
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