相比化學武器和核武器方面的裁軍機制，《公約》缺乏確認締約國遵守情況的機制和獨立的國際機構來推動相關工作，導致其效力受損。為此，《公約》各締約國曾試圖建立約束性更強的核查機制。
2001年3月，《公約》締約國特別小組提出一份長達210頁的核查機制草案。當年7月，美國不顧各方共識、單方面拒絕通過該草案，並退出核查議定書多邊談判，導致談判進程中止。美國聲稱，核查機制不會改善《公約》的遵守情況，還會損害美國的國家安全和商業利益。此後，美國一直一意孤行，並多次阻撓談判重啟。至今，儘管存在壓倒性共識，《公約》締約國始終未能重啟核查議定書多邊談判。分析人士表示，美國的相關做法破壞了國際社會長期以來為防止生物武器擴散而做出的努力，對比美國對伊拉克和其他敵對國家所謂擁有生物武器的指控，美國的做法明顯是雙標行為。
除信任措施機制效果不佳、核查機制尚未建立外，《公約》在機構建設上也較為落後。如前文提到的“執行支助股”，祗有3人，預算比一家連鎖快餐店還要少。相比之下，禁止化學武器公約組織約有500名雇員，國際原子能機構約有2600名雇員，全面禁止核試驗條約組織籌備委員會約有280名工作人員。此外，《公約》還面臨核查生物武器的技術挑戰、財政狀況不佳等問題。
美無視《公約》約束
美國本應帶頭遵守《公約》規定，與其他締約國一同解決《公約》面臨的一系列問題，以徹底消除生物武器給人類社會帶來的巨大威脅。然而，美國不僅在《公約》機制建設方面採取不負責任的做法，其種種生物軍事活動可能已經違反《公約》相關規定。
在俄羅斯最近提交聯合國的一份美國專利文件中，描述了一種“毒蚊空中釋放系統”，由無人機將大量攜帶病原體的蚊子運送至特定區域，釋放蚊子致使特定人群感染烈性傳染病，從而達到“低成本傳播致死性疾病”並使對方癱瘓的目的。文件還強調，一旦“調整或清除法律限制”，該技術可立即用於軍事用途，成為比現有最先進的武器更為有效的工具。俄羅斯防輻射、化學和生物武器部隊在烏克蘭實驗室獲得的原始文件也表明，烏克蘭境內的幾十個實驗室在五角大樓的指導和資助下開展軍事生物研究。儘管美國國務院此前在社交媒體上表示，美國在烏克蘭沒有化學和生物武器實驗室，但此後不久，美國國家安全政策專家大衛·馬丁就對媒體表示，他已與五角大樓官員確認，烏克蘭境內的實驗室正在對用於生化武器的致命病原體進行研究。
不僅是在烏克蘭，美國在其他國家也建立了大量實驗室，用於研究致命病毒。據韓國《統一新聞》報導，2009年至2014年，駐韓美軍的4個實驗室進行了16次炭疽杆菌試驗，而韓國炭疽疫情一直不斷。
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