台北地檢署上訴的9大理由如下：
一、台北地院於本案直接證據歷次會議及內部談話錄音檔、錄音譯文之證據評價，取捨標準不一，採證法則自相矛盾。
二、台北地院割裂起訴事實之架構，不採整體觀察，且倒置交易過程之因果關係，或將原連結不當之交易條件分拆檢視，省略眾多事實不提，使交易案及交易條件看似單純，認事用法明顯違誤。
三、台北地院採用商業判斷法則，但全然未提出商業判斷法則之適用要件及標準，依三中案事證，並參酌司法實務之商業判斷法則要件，三中案無法適用商業判斷法則。
四、台北地院對於交易案是否符合營業常規之標準迴異於司法實務，雖認為應檢視交易是否符合公司取處程序及內控規範，但於明確違反公司取處程序及內控規範之情況下，卻又認為未“嚴重違反”應行程序，而未違反營業常規。
五、台北地院混淆被告馬英九動機與主觀犯意，將馬英九所辯遵守政府法律政策，作為三中案非常規交易行為之正當理由。
六、台北地院於三中案中採取迴避審查交易實質之立場，而以形式外觀檢視交易案之合法性，與司法實務見解有關非常規交易之認定標準歧異。
七、台北地院在三中案的各個交易行為評價標準不一。
八、三中案證據資料甚繁，並有案發當時整體交易過程之錄音檔及錄音譯文，而三中案相關爭點，除卷內事證，檢察官更以共計61次提出補充理由書，並指出卷證所在，但一審判決無罪理由與卷內事證相違，迴避說明義務。
九、台北地院逸脫起訴書及契約文件等書面證據及被告辯解，自行創設概念，並逕行認定不用適用公司取處程序及內控規定之情況。 |
