其次，動物和環境中的病毒分布調查是最直接、最重要的手段。趙衛介紹，如科學家發現非洲喀麥隆南部靈長類動物身上帶有與HIV極為相像的病毒SIV，也即猴免疫缺陷病毒。所以，有科學家提出了“受傷獵人”理論，即一位受傷獵人接觸到靈長類身上的病毒，最先被感染。現代最凶險的傳染病之一埃博拉出血熱，目前大多數科學家認為其來源於果蝠，因為整個撒哈拉中部和南部非洲地區有不同種類的果蝠可以攜帶這種病毒。
近年來，生物信息學技術進展迅速，科學家可以通過基因同源性比對確定不同病毒株間的親緣關係和傳播過程，甚至可以通過“分子鐘理論”推算出某種病毒的起源時間。但在溯源方面，這些都無法替代傳統的流行病學調查。
在趙國屏看來，對自然來源新病毒的溯源，就像刑警破案。刑警到作案現場，首先收集證據，然後多方調查，形成各種假說；順藤摸瓜，排除並查找新證據、新線索，最後找到作案嫌犯。同時，嫌犯供述犯罪過程，並指認作案第一現場及作案工具藏匿地點，與獲得的證據互相印證。其中任意環節出問題都可能沒有結果。
溯源有難度 大家要有合理預期
病毒很狡猾，尤其是基因由核糖核酸（RNA）而不是脫氧核糖核酸（DNA）構成的病毒，更容易發生變異，而且變異的程度更高，速度更快。
趙國屏介紹，冠狀病毒就是更為狡猾的RNA病毒。其基因組比較大（是HIV病毒基因組的3倍），也容易出現包括缺失、重組之類大片段的變異；當然，絕大部分變異對於病毒的生長繁殖都是不利的，因此，在病毒複制的過程中就被自然淘汰了。
趙國屏認為，病毒在跨種傳播過程中，需要積累適應新宿主（人類）的那些變異，形成在人群中擴散的“傳播性的克隆”，那就是現在反覆檢測測序的傳播到世界各地的毒株。可是，在這個早期的積累過程中的絕大部分變異，並沒有明顯的對人感染的“表型”，被發現的幾率自然是很低的；但這正是溯源所需要的“科學證據”。
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