1996年，中國水下考古隊對西沙群島開展了首次水下考古調查，在北礁、珊瑚島、浪花礁等礁盤上發現8處水下文化遺存，標誌著中國水下考古從近海走向遠海。2007年、2008年，“華光礁一號沉船遺址”的水下考古發掘，是迄今為止規模最大的一次遠海沉船遺址全方位系統發掘。
2014年，山東青島，我國第一艘自主研發、設計和建造的水下考古專用船“中國考古01”投入使用，從此我國水下考古工作告別了“租用漁船時代”，水下考古科研設施條件和水下文化遺產保護能力極大提升。儀器設備間、出水文物保護實驗室、海洋探測室、減壓艙、A字架、折臂吊、工作艇……“中國考古01”配備了專供水下考古工作所需的多種設備和專門艙室，還設置了休息室、廚房、衛生間等，是隊員的“海上家園”。提起這個“老夥伴”，鄧啟江感嘆道：“近年來水下考古的許多工作都有這位‘得力幫手’的身影。”
海平面200米以下的海洋屬於深海區，超高水壓是推進深海考古的難題。2017年8月，中國第二台深海載人潛水器“深海勇士”號在南海成功進行首次載人深潛，作業能力達到水下4500米。這一深海利器拉開了中國深海考古的序幕。
隨著“深海勇士”號緩緩下潛，水下的世界逐漸變得清晰。長基線定位系統的精準導航，猶如燈塔，引領隊伍穿越漆黑的海水，直至遺址的精確位置。在水下的昏暗光線中，三維激光掃描儀和高清相機開始工作，它們是考古隊敏銳的眼睛，完整記錄沉船遺址的每一處細節。
“原有的抽泥設備十分笨重，光抽泥頭就有幾十斤重，在發掘過程中一不小心就會對文物或脆弱遺跡造成傷害。”梁國慶說。在聖杯嶼元代沉船考古中，考古隊對發掘工具進行了小型化改造，抽泥設備變得衹有3寸大小，僅僅一兩斤，極大程度減少了可能對文物產生的二次傷害；小氣槍型吹泥設備可以像手術刀一樣對文物進行精細挖掘，輔助考古隊員科學揭露了瓷器包裝方式等脆弱遺跡。
昏暗的海底，大多數時候能見度還不到1米。聖杯嶼元代沉船考古隊拍攝了近6萬張近景照片，利用水下三維攝影拼接技術，這些照片被計算整合，就像拼合起一幅巨大的海底拼圖。隨著最後一塊“拼圖”的落位，低能見度海況下一幅沉船遺址的高清全景三維影像終於首次呈現，讓世人得以窺見沉船全貌。
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